Die Delegiertenversammlung ist das oberste Organ der AGZ. Sie wird vom Präsidenten geleitet und besteht aus 35 von den Bezirksgesellschaften, 35 von den Fachgesellschaften und jeweils 2 von den Berufsverbänden und der Medizinischen Fakultät der Universität Zürich gewählten Delegierten. Wahlen in die Delegiertenversammlung der AGZ finden alle vier Jahre statt.