Ärztliche Fachgesellschaften sind von der Delegiertenversammlung als Partnergesellschaften anerkannte, privatrechtliche Vereinigungen von Ärztinnen und Ärzten einer gleichen oder ähnlichen Fachrichtung im Kanton Zürich. Fachgesellschaften, deren Mitgliederzahl eine von der Delegiertenversammlung festgesetzte Mindestzahl erreicht, haben Anspruch auf je mindestens einen Sitz in der Delegiertenversammlung der AGZ.
Zurzeit sind folgende Fachgesellschaften von der AGZ anerkannt:
Vereinigung Zürcher Radiologen (VZR), ohne eigene Webseite