Zweck der Familienausgleichskasse (FAK) der AGZ ist die Finanzierung und Ausrichtung von Familienzulagen nach der Familienzulagengesetzgebung des Bundes und des Kantons Zürich. Der FAK der AGZ gehören alle Selbständigerwerbenden und Arbeit gebenden Ärztinnen und Ärzte an, die als Mitglieder der AGZ der Verbandsausgleichskasse medisuisse angeschlossen sind.
Die Geschäftsstelle der FAK wird im Auftrag der AGZ von medisuisse geführt. Sie übernimmt das Inkasso der FAK-Beiträge und zahlt die Familienzulagen aus.